Desde la Prehistoria está documentada, por los restos arqueológicos encontrados, la presencia de diferentes pueblos y culturas que habitaron en este lugar. Destacan los monumentos funerarios como el Dolmen las Aguilillas, que corresponde al período Calcolítico o Edad del Cobre, en el que se han encontrado abundantes piezas en su ajuar funerario.
Igualmente la cantidad de restos arqueológicos encontrados como: monedas, cerámicas, herramientas, molinos, vías y obras hidráulicas… certifican en el pasado, la presencia de poblaciones y culturas muy antiguas desde los celtas, romanos, visigodos y del islán, todas ellas por el atractivo de su riqueza agrícola, ganadera o de las rutas mineras de la comarca.
Cuenta la tradición que Villanueva de Córdoba como tal, fue fundada en el siglo XIV entre los años 1348-1360 cuando, como consecuencia de la famosa Peste Negra de 1.348, que diezmó la población en toda Europa, algunos vecinos de Pedroche se asentaron aquí, huyendo de los efectos de aquella epidemia que se repitió varias veces hasta 1390.
En estos inicios se llamó “Encina Enana”, aunque en otros momentos también se la conoció como “Villanueva de la Jara” por su proximidad a la dehesa del mismo nombre, lo que ha hecho que nuestro gentilicio sea el de “Jarote”, nombre con el que se conoce a los vecinos de esta localidad. Finalmente en 1.499 recibiría su nombre actual, de Villanueva de Córdoba, debido, según algunos autores, al afán independentista de los lugareños de no ser sometidos por el Señorío de Santa Eufemia, predominante en esa época.
Pero sería en 1553, cuando Carlos I de España y V de Alemania, nieto de los Reyes Católicos, le otorgó a Villanueva de Córdoba el título de Villa. Por este documento se sabe que contaba dicho pueblo con 280 vecinos, y que pagó por aquella distinción setecientos mil maravedíes, consiguiendo con este título independizarse de la villa de Pedroche. Curiosamente, dicho documento aparecía encabezado con el escudo imperial de Carlos I, lo que motivó, por error, que los vecinos creyeran que ése era el escudo de armas que se le asignaba en particular a esta villa, por lo que en Villanueva de Córdoba se viene usando desde entonces como particularmente suyo.
Paseando por Villanueva de Córdoba se puede conocer su centenaria historia a través de sus edificios más emblemáticos, entre los que destacan: la iglesia parroquial de San Miguel, la Audiencia, el actual Ayuntamiento, el convento de Cristo Rey, el convento de Las Obreras, la parroquia de San Sebastián o las Casas Señoriales del casco urbano, donde el granito, tan abundante en nuestra tierra, ofrece una arquitectura arquitrabada de gran solidez, dando lugar a una estética de gran belleza.